Переклад Оміка до харчової мікробіології

Щорічний огляд харчової науки та технологій

Вип. 8: 113-134 (Дата публікації тому, лютий 2017 р.)
Вперше опубліковано в Інтернеті як Загальний огляд 11 січня 2017 року
https://doi.org/10.1146/annurev-food-030216-025729

Аарон М. Уолш, 1,2,3 Фіона Кріспі, 1 Маркус Дж. Клессон, 2,3 та Пол Д. Коттер 1,2

1 Центр досліджень їжі Teagasc, Мурепарк, Фермой, Корк, Ірландія; електронна пошта: [електронна пошта захищена]

2 APC Microbiome Institute, University College Cork, Корк, Ірландія

3 Школа мікробіології, Університетський коледж Корка, Корк, Ірландія

Анотація

У цьому огляді розглядається застосування технологій omics у мікробіології харчових продуктів з основним акцентом на високопродуктивних технологіях секвенування (HTS). Ми обговорюємо різні підходи до секвенування, що застосовуються до вивчення мікробних ізолятів, пов’язаних з їжею, та змішаних мікробних спільнот у продуктах харчування, та надаємо огляд платформ секвенування, придатних для кожного підходу. Ми підкреслюємо потенціал геноміки, метагеноміки та метатранскриптоміки для керівництва зусиллями з оптимізації ферментації їжі. Крім того, ми досліджуємо використання порівняльної та функціональної геноміки для подальшого розуміння механізмів дії пробіотиків та описуємо застосовність ВТС як міри безпеки харчових продуктів. Врешті-решт, ми розглядаємо використання ВТС для дослідження впливу мікроорганізмів, що потрапляють всередину, на мікробіоти кишечника людини.