Порівняння структури та локальної динаміки двох пептидних дендримерів з однаковою основою, але з різними бічними групами в їх розпірних елементах

Хімічна структура дендримерів Lys-2Lys (a) та Lys-2Gly (b). Ядра обох дендримерів позначені зеленим кольором, кістяки - чорним кольором, а кінцеві лізини - червоним кольором. Різниця між двома дендримерами - бічні сегменти дендримера Lys-2Lys, позначені фіолетовим кольором.

Еволюція часу середньоквадратичного радіуса обертання R g (t) для дендримерів (a) Lys-2Lys та (b) Lys-2Gly при температурі T = 310 K.

Знімки дендримерів при мінімальному значенні R g: (a) Lys-2Lys (при 69,7 нс, див. Малюнок 2 a) і (b) Lys-2Gly (при 155,4 нс, див. Малюнок 2 b) і при максимальному R g: (c) Lys-2Lys (при 137,3 нс, див. малюнок 2 а) і (d) Lys-2Gly (при 78,1 нс, див. малюнок 2 b) при T = 310 K.

Функції автокореляції (ACF): нормований ACF CR g 2 (t) квадрата радіуса обертання R g та орієнтаційний ACF P 1 гнилі (t) при T = 310 K для (a) Lys-2Lys та (b ) Lys-2Gly.

(a) Середній квадратний радіус обертання R g як функція температури; (b) розподіл g (d) розпірної довжини d між сусідніми точками розгалуження дендримерів при середній температурі тіла для обох дендримерів.

(а) анізотропія форми α та (b) характерне відношення гідродинамічного радіуса в наближенні Кірквуда до радіуса обертання R h/R g; на графіку зображено дві теоретичні межі: котушка Гауса та жорстка сфера.

Функція радіального розподілу щільності дендримерів (a) Lys-2Lys та (b) Lys-2Gly при різних температурах.

Радіальний розподіл кількості атомів N у кінцевих групах NH 3 + для (а) дендримеру Lys-2Lys та (b) дендримеру Lys-2Gly.

Функція розподілу кількості внутрішньодендримерних водневих зв'язків при різних температурах для (а) Lys-2Lys та (b) дендримерів Lys-2Gly.

Функція радіального розподілу іонних пар Cl - -N + при різних температурах для дендримерів на основі лізину (a) Lys-2Lys та (b) Lys-2Gly.

Радіальний розподіл (a) загального заряду q (r), (b) кумулятивного заряду Q (r) та (c) електростатичного потенціалу при T = 310 K для обох дендримерів. (d) Відносний ефективний заряд Q */Q b a r e як функція температур для дендримерів Lys-2Lys та Lys-2Gly.

Структури (a) дендримерів Lys-2Lys та (b) Lys-2Gly. Червоні кола показують точки розгалуження СН в серцевині, внутрішньому та кінцевому сегментах. Внутрішня та кінцева групи CH 2 позначені синім та пурпуровим кольорами відповідно. У Lys-2Lys є групи CH 2 у бічних сегментах розпірок 2Lys, позначених зеленим кольором. У Lys-2Gly є групи CH 2 у кожній вставленій розпірці 2Gly, позначеної світло-синім кольором. Вектор HH (r H H) показаний для однієї групи СН 2.

Функції автокореляції P 2 r o t і P 1 r o t 3 для вектора від ядра до кінця дендримерів (a) Lys-2Lys та (b) Lys-2Gly.

Часові залежності P 2 (t) для кінцевих груп CH 2 груп (a) Lys-2Lys та (b) Lys-2Gly, для внутрішньої групи CH 2 груп (c) Lys-2Lys та (d) Lys-2Gly, (e) для бічної групи CH 2 групи Lys-2Lys, та (f) для групи внутрішніх Gly CH 2 групи Lys-2Gly.

Частотні залежності 1/T 1 H у поданні сприйнятливості (а) термінальних + бічних груп CH 2 в Lys-2Lys, (b) кінцевих груп CH 2 в Lys-2Lys Lys-2Gly, внутрішніх груп CH 2 в (c) Lys-2Lys та (d) Lys-2Gly та вектор від ядра до кінця в (e) Lys-2Lys та (f) Lys-2Gly. Вертикальна лінія представляє частоту (ω H/2 π = 400 МГц), що відповідає спектрометру, використаному в [63].

Частотні залежності 1/T 1 H груп внутрішнього Gly CH 2 у Lys-2Gly. Вертикальна лінія відповідає частоті ω H/2 π = 400 МГц спектрометра, що використовується в [63].

Спін-гратчаста швидкість релаксації ЯМР 1 H 1/T 1 H при фіксованій частоті ω H/2 π = 400 МГц як функція зворотної температури 1000/T для (a) Lys-2Lys та (b) дендримерів Lys-2Gly розрахована на основі моделювання MD. Експериментальні точки [63] також зображені на графіку.

Анотація

Функція радіального розподілу щільності дендримерів (a) Lys-2Lys та (b) Lys-2Gly при різних температурах.

Радіальний розподіл кількості атомів N у кінцевих групах NH 3 + для (а) дендримеру Lys-2Lys та (b) дендримеру Lys-2Gly.

Структури (a) дендримерів Lys-2Lys та (b) Lys-2Gly. Червоні кола показують точки розгалуження СН в серцевині, внутрішньому та кінцевому сегментах. Внутрішня та кінцева групи CH 2 позначені синім та пурпуровим кольорами відповідно. У Lys-2Lys є групи CH 2 у бічних сегментах розпірок 2Lys, позначених зеленим кольором. У Lys-2Gly є групи CH 2 у кожній вставленій прокладці 2Gly, позначеної світло-синім кольором. Вектор HH (r H H) показаний для однієї групи СН 2.

Функції автокореляції P 2 r o t і P 1 r o t 3 для вектора від ядра до кінця дендримерів (a) Lys-2Lys та (b) Lys-2Gly.