Ентеровіруси людини, пов’язані з діареєю та без неї у Таїланді між 2010 та 2016 роками

Джира Чансаенрой

1 Центр передового досвіду з клінічної вірусології, Медичний факультет, Університет Чулалонгкорн, Бангкок, Таїланд

Супанса Туантхап

Танундорн Танусуваннасак

Осіні Дуанг-ін

Сірапа Клінфуенг

Нафа Танесконгтонг

2 лікарня Chum Phae, Chum Phae, Хон Каен, Таїланд

Вібоунсук Вутітанахот

2 лікарня Chum Phae, Chum Phae, Хон Каен, Таїланд

Сомпонг Вонгпунсавад

Йонг Пуовораван

Пов’язані дані

Усі відповідні дані знаходяться в газеті та в допоміжних файлах.

Анотація

Вступ

Філогенетичний аналіз

Нуклеотидні послідовності області VP4-VP2 були вирівняні та піддані реконструкції філогенетичного дерева за допомогою методу приєднання сусідів та моделі максимальної складової ймовірності, реалізованої в програмному забезпеченні MEGA 5.0 [34]. Для відсутніх даних використовувались парні видалення, а надійність дерева визначалася шляхом завантаження з 1000 псевдо-реплік. Значення бутстрапа> 70% вважалися значущими.

Статистичний аналіз

Статистичний аналіз проводили за допомогою пакету IBM SPSS V21.0 (SPSS Institute, Chicago, IL). Квадрат хі використовували для вимірювання відмінностей ВІ-інфекції між віковими групами. Значення р Таблиця 1). У період між 2010 та 2016 роками зразки мали позитивні результати щодо RV (22,7%, 611/2,692), NV (11,4%, 306/2,692) та ADV (9,3%, 249/2,692). РВ становив основний вірус, виявлений у зв’язку з діареєю між 2010 і 2014 роками (рис. 1А). Переважними генотипами RV були G3P [8] (46,2%) та G1P [8] (38,1%) (рис. 2А). RV-позитивні зразки найчастіше виявляли у маленьких дітей (рис. 1В). Більшість ідентифікованих генотипів НВ було GII.4 (52,6%) (рис. 2В). У цьому дослідженні як NV, так і ADV були основними кишковими вірусами, виявленими між 2015 і 2016 роками. Генотип F41 складав більшу частину ADV, виявлених у зразках (30,5%), а потім C2 (18,1%) та C1 (17,3%) (рис. ).

Частка EV, ADV, NV та RV, визначена за роком (A) та за віковою групою (B). Кількість вірусно-позитивних зразків вказана над стовпчиковими діаграмами. Колір синій для RV, зелений для NV, жовтий для ADV та рожевий, EV.

Розподіл генотипу (A) RV на основі генів VP7 та VP4, (B) NV на основі області RdRp/VP1 та (C) ADV на основі гексону.

Таблиця 1

ХАРАКТЕРИСТИКА (N = 2692) HFMD (N = 1310)N (%) N (%)

Стать
Самець	1465 (54,4)	673 (51,4)
Самка	1227 (45,6)	507 (38,7)
Н/Я	0 (0)	130 (9,9)
Вік (роки)
3). Було 5,4% (9/168) EV-A, 37,5% (63/168) EV-B, 23,8% (40/168) EV-C та 0,6% (1/168) EV-D (рис. 4A) . EV-A включав генотипи CV-A4, CV-A5, CV-A8 та CV-A10. Види EV-B продемонстрували найбільше різноманіття (18 генотипів), більшість з яких були CV-A9 та еховірус E6 (8/63 для кожного) (рис. 4B). З 9 виявлених типів EV-C 26 були вакцинними штамами Сабін проти поліовірусу (8 типу 1, 10 типу 2 та 8 типу 3) (S2 Фіг.). Один зразок калу, отриманий від 3-річної дитини, мав позитивний результат на EV-D68 клади В2 (рис. S3, S4 та S5). Нарешті, риновірус був виявлений у 32,7% (55/168) зразків (24 види A, 9 видів B і 22 види C), 27 з яких не були заражені жодним RV, NV або ADV.

Філогенетичне дерево було побудовано за допомогою методу приєднання сусідів, реалізованого в MEGA (версія 5). Значення передискретизації Bootstrap> 70 вказані на вузлах. Смужка шкали вказує кількість замін на сайт. Чорні крапки позначають EV, отриманий із зразків з численними вірусами. Синій, EV-A; червоний, EV-B; зелений, EV-C; фіолетовий, EV-D; жовтий, риновірус.

(А) Кругова діаграма EV-A до -D та риновірусу, виявлених у зразках калу пацієнтів зі старінням. (B) Генотипи EV та їх відсотки (позначаються цифрами над стовпчиковими графіками). Синій, EV-A; червоний, EV-B; зелений, EV-C; фіолетовий, EV-D; жовтий, риновірус.

Навпаки, аналіз EV, виявленого у зразках HFMD, показав, що переважна більшість (92,6%, 757/817) належать до видів A (рис. 5А). Вісім ідентифікованих EV-A були CV-A2, CV-A4, CV-A5, CV-A6, CV-A8, CV-A10, CV-A16 та EV71, серед яких найбільш поширеним був CV-A6 (54,8%, 448/817) (рис. 5В). Цікаво, що CV-A5, CV-A9, еховірус E18 та риновірус A були одними з вірусів, виявлених у кількох зразках як з когорт AGE, так і з HFMD.

(А) Кругова діаграма EV-A до -C та риновірусу, виявлених у зразках калу хворих на ХФМД. (B) Генотипи EV та їх відсотки (позначаються цифрами над стовпчиковими графіками). Синій, EV-A; червоний, EV-B; зелений, EV-C; жовтий, риновірус.

Обговорення

Вірусний гастроентерит є значною проблемою, особливо серед дітей у регіонах, що не мають достатніх ресурсів та країнах, що розвиваються. Окрім впливу на якість життя, AGE накладає значний медичний та соціально-економічний тягар. Інфекції, спричинені RV, NV та ADV, залишаються суттєво недостатньо діагностованими та відповідають за значну частоту діареї, як було показано в цьому дослідженні та інших дослідженнях [7, 28–30, 35–38]. Однак багато ЕВ також дедалі частіше визнаються асоційованими з часткою стійкої діареї і часто обстежуються, коли стілець негативний на загальноприйняті кишкові віруси [14, 19, 35, 39].

У цьому дослідженні було кілька обмежень. Хоча було б ідеально порівняти ЕВ, виявлену у зразках AGE, з фекальними зразками здорових контрольних груп, які відповідали віку, які не мали симптомів AGE, попереднє дослідження, проведене нами на 200 фекальних зразках здорових дітей віком до 5 років, не виявило EV (S1 Рис). Ми не змогли виключити можливість того, що деякі епізоди AGE були спричинені бактеріями або іншими менш поширеними кишковими вірусами, такими як астровірус, саповірус та бокавірус. Хоча ми ампліфікували вірусну нуклеїнову кислоту безпосередньо з клінічних зразків, ми не провели підтвердження, виділивши віруси за допомогою культури клітин, як це було зроблено в деяких дослідженнях. Однак нам вдалося ідентифікувати один або кілька вірусів у зразках калу та перевірити кожного за допомогою послідовності нуклеотидів. Подальші дослідження, що включають перспективні послідовні проби стільця під час здорових епізодів та епізодів AGE від народження до дорослого віку, можуть краще пояснити тягар EV при діарейній хворобі. Підводячи підсумок, дані цього дослідження свідчать про зв'язок між кількома генотипами ЕВ та часткою випадків ВІЛ у Таїланді, що підкреслює різноманітність клінічних проявів, які дає ЕВ.

Додаткова інформація

S1 Рис

Наявність EV та інших вірусних патогенів (RV, NV та ADV) досліджували у зразках калу у осіб із AGE та без нього. Види EV, виявлені у зразках AGE, згодом порівнювали з видами, виявленими у зразках HFMD, зібраних протягом того самого періоду.